虽然说水晶和玛瑙的化学成分都是二氧化硅，但是水晶是石英结晶体，玛瑙是多晶集合体。水晶的颜色一般比较浅，而玛瑙的颜色自然纯正，水晶的内部纹理呈棉絮状，而玛瑙内部有层状的圆形条纹环带。

1、晶体

玛瑙

水晶和玛瑙化学成分都是二氧化硅，但是水晶是石英结晶体，玛瑙是多晶集合体。水晶是由一个水晶整体组成，而玛瑙是由无数个小的二氧化硅的晶体组成的，水晶的晶体是以玛瑙为基础的，一般有水晶的矿石就有玛瑙。

2、颜色

水晶

水晶的颜色一般较浅，呈透明状，而玛瑙的颜色自然纯正，呈半透明状。水晶的颜色有浅黄、浅黑色、褐红色、粉红色等，而玛瑙的颜色有红、黑、绿、蓝等颜色，水晶的颜色透亮鲜艳，而玛瑙的颜色是有渐变色的。

3.内部结构

玛瑙

水晶的内部有棉絮状的纹理，而且不规则，大块的水晶中还带有少量的裂纹，如果将水晶做一个切口，断口处油脂光泽。玛瑙内部的纹理自然有规则，而且无杂质、无沙心、无裂纹，内部具有不同颜色的层状圆形条纹环带。