原因如下：工藤新一被灌入使身体变小的毒药，导致身体变小。

高中生侦探工藤新一，某一天在调查事件途中，目睹两个黑衣男子正在进行可以交易。毫无防备时，被另一名黑衣男子从后面接近打晕，并强灌毒药，即APTX4869，致使身体变小。为了不暴露身份和寻找黑衣男子，工藤新一化名为江户川柯南，寄住在青梅竹马毛利兰的家中，想借助兰的父亲毛利小五郎找寻黑衣男子。