明朝时吐蕃地区已经进入明朝版图，不再是两个政权的关系，而是中央和地方的关系。

明朝设乌斯藏都司管理西藏地区乌思藏都指挥使司，简称乌思藏都司，是中国明朝对今西藏自治区除昌都地区以外的大部分地区以及锡金，不丹的最高军政管辖机构。

洪武五年乌思藏内附，六年置乌思藏卫今拉萨，属西安行都司。七年改置乌思藏都指挥使司，治所乌思藏。明朝政府还采取僧官制度，封喇嘛教僧人为卫所的指挥使，同知，通判等官。最高僧官为法王，任乌思藏都指挥使，实行世袭制。

因此吐蕃地区与明朝中央政府是隶属关系，此关系一直维持到万历，崇祯时期。