南开大学医学院于1988年筹办、1989年招生、1993年经原国家教委批准正式成立，现位于南开大学历史最悠久的建筑思源堂中。学院旨在培养医德高尚，人文和自然科学基础知识宽厚、医学基础理论扎实、专业实践技能熟练，具有终生自我充实能力的高级医学专门人才。

学院下设临床医学系和口腔医学系；拥有解剖与组织胚胎学、生理学、生物化学、免疫学、病原生物学、医学分子遗传学、药理学、病理与病理生理学、预防医学、医学心理学、临床技能实训、医学高分子材料学、口腔基础等13个教研室；建有基础医学实验教学中心和5个基础医学综合教学实验室。