上海交通大学：工科类大学，以强大的工学、商学、医学、商学著称，拥有坚实的理学基础，并正在重点发展独具特色的文科类专业。其中工学专业中船舶与海洋工程、机械工程、电子计算机科学与技术、通信工程、生命科学、材料科学等等专业都是实力卓著，国际顶尖。医学中的临床和口腔实力也较强。

南京大学：文理类大学，理学国内顶尖（物理、化学、天文地理等排名最高），在中国语言类学、化学、天文学、物理学、计算机科学与技术、生物学、地质学等领域实力占优，工科、医学较弱。

两所学校综合实力都很强，但各有自己的特色，关键在于偏向文类还是工科类。