根据《千岛湖鱼类资源》里记载，千岛湖内共有包括青鱼、草鱼、鲢鱼、鳙鱼等共114种鱼类，其中鲤形目有71种，约占总类的百分之六十二；鲈形目有23种，约占百分之二十点一；鮎形目11种，约占百分之九；鲟形目和胡瓜鱼目各2种，各占百分之一点七五；合鳃鱼目、鳗鲡目和青鳉目等5目，各有鱼类1种，各占百分之零点八八。

在千岛湖114种鱼类中，最多的鱼种为花白鲢，最珍贵的鱼种为鳜鱼。