处理公司部门之间的关系的方法：

1、首先必须明确各部门的职责与权限，让各部负责人非常清晰地了解到部门的职能与工作目标。这样就能避免问题处理的相互推卸和重复处理等现象；

2、建立定期管理层例会，为各部门建立一个沟通与交流的平台，把管理与协调问题摆到桌面上来谈；

3、专门指定一个负责协调的总负责人，碰到有纠纷或者难以协调的问题，由总负责人负责出面进行沟通协调处理；

4、做一些沟通与协调方面的管理层培训，提升各部门管理者的综合素质。