广东海洋大学共设有1个独立学院——寸金学院和18个二级学院：水产学院、农学院、工程学院、食品科技学院、经济管理学院、航海学院、信息学院、软件学院、理学院、文学院、法学院、中歌艺术学院、外国语学院、政治与行政学院、海洋与气象学院、继续教育学院、职业技术学院、体育与休闲学院。