1、发行制度不同：科创板为注册制；新三板注册公司提交挂牌申请材料后，全国股转公司会有针对性的提出询问，对企业的硬性量化指标仅需经营满两年。

2、交易方式不同：科创板在交易所内交易，属于场内交易；新三板为全国中小企业股份转让系统，属于场外市场。

3、对投资者要求不同：科创板开通具备两年以上投资经验，总资产要达到50万元；新三板开通要具备两年以上投资经验，个人金融类资产500万元。

而且科创板和新三板一样，同属于场外交易市场，但与新三板不同，科创板将重点面向尚未进入成熟期但具有成长潜力，且满足有关规范性及科技型、创新型特征中小企业。