武媚娘传奇前后共计拍摄8个月，前4个月基本上在江苏无锡取景，后4个月全部在东阳横店拍摄，直至最后杀青。

在无锡市的拍摄主要集中在无锡国家数字电影产业园内的摄影棚(无锡华莱坞)里，多拍摄内景戏，外景则在无锡影视基地(三国城、唐城)、梅园、鼋头渚等景区零星取景。

在《武媚娘传奇》中气势恢弘的大唐皇宫太极宫则是在浙江的横店影视城秦皇宫景区内拍摄完成，也就是说在秦皇宫里完成了该剧最重要的宫廷戏份，另外该剧也曾在东阳市区小竹林景区、横店古民居外山区域拍摄外景戏。