物流公司归交通运输部和工商行政管理局管理。

中华人民共和国交通运输部，简称交通运输部，负责优化交通运输布局，发挥整体优势和组合效率，加快形成便捷、通畅、高效、安全的综合运输体系，组建交通运输部。将交通部、中国民用航空总局的职责，建设部的指导城市客运的职责，整合划入该部。交通运输部的主要职责是，拟订并组织实施公路、水陆、民航行业规划、政策和标准，承担涉及综合运输体系的规划协调工作，促进各种运输方式相互衔接等。

工商行政管理局是政府主管市场监管和行政执法的工作部门。负责市场监督管理和行政执法的有关工作，起草有关法律法规草案，制定工商行政管理规章和政策。承担监督管理流通领域商品质量责任，组织开展有关服务领域消费维权工作，按分工查处假冒伪劣等违法行为，指导消费者咨询、申诉、举报受理、处理和网络体系建设等工作，保护经营者、消费者合法权益。