新版残疾军人证芯片损坏后可以直接补办。

新版残疾军人证的补办方法：在民政局有备案的可直接补办，未备份的需在民政局指定医院重新做伤残鉴定，鉴定后携带医疗鉴定结果、在部队时的原始医疗证明、两个昔日战友的证明、现在工作单位的证明、部队服役的相关资料、退伍证明到民政局办理相关手续即可，新版残疾军人证的补办免费，需要20到30个工作日可取证。