新鲜黄花菜中含有“秋水仙碱”，它本身是无任何毒性的，但经过肠胃的吸收，它便在体内氧化为“二秋水仙碱”，这种成分则具有较大的毒性。所以在食用新鲜黄花菜时，不宜过量。

由于新鲜黄花菜的有毒成份在高温60度时可减弱或消失，因此在食用时，应先将新鲜黄花菜用开水焯过，再用清水浸泡2个小时以上，捞出用水洗净后再进行炒食，这样秋水仙碱就能被破坏掉，食用时就可以保证安全无毒。食用干品时，最好在食用前用清水或温水进行多次浸泡后再食用，这样可以去掉残留的有害物，如二氧化硫等。