扬州大学是全国首批具有博、硕士学位授予权的研究生培养单位。近年来，该校学位点建设成效显著，研究生教育规模快速增长，形成了多层次、多类型的培养体系。

扬州大学研究生院下设综合办公室、招生办公室、学位与培养办公室、专业学位教育办公室、教育管理与就业指导办公室等5个办事机构。

目前，全校在籍研究生近8000人，拥有一级博士点11个，一级硕士点43个；二级博士点53个、二级硕士点225个；博、硕士专业学位14种。先后有4篇论文获全国优秀博士论文，5篇论文获全国优秀博士学位论文提名奖。