应交税金为负数那是因为：上期增值税有留抵税额；本期进项税额大于销项税额。

简单来说主要分为以下三种：

1、以前年度多交所致；

2、进项税大于销项税；

3、出口销售实行先征后退的税收政策，期末应交税金为负数为公司应退回的税额。

同时也有可能是错账形成。