马皇后的儿子有明燕王朱棣、周定王朱橚、懿文太子朱标、秦愍王朱樉、晋恭王朱棡。

《明史》记载，马皇后前后生五子二女，其女儿有宁国公主和安庆公主。

不过明末清初史学家潘柽章在《国史考异》中说：按照明朝皇族族谱，太祖的第四个儿子明成祖朱棣，第五个儿子周定王，是孝慈高皇后所生的。”明代藏书家郎瑛在《七修类稿》中称：“孝慈高皇后生有两个儿子，在鲁府玉牒里有记载。明朝的汪宗元所撰写的《南京太常寺志》中说：“孝陵神位，左一位淑妃李氏，生懿文太子、秦愍王、晋恭王。右一位碽妃，生成祖文皇帝（朱棣），孙贵妃生周定王（朱橚）。”清代诗人朱彝尊《静志居诗话》卷十三沈元华条：“在南京太庙奉先殿孝慈高皇后牌位的南面，诸位嫔妃灵牌在东列，西面唯独只有碽妃一人的灵牌。孝慈高皇后从没有怀孕，懿文太子并不是她生的。”