窖口到广州南站地铁需要50分钟左右。具体如下：

1、从广州窖口汽车站步行约110米，到达滘口站。

2、乘坐地铁5号线，经过5站，到达广州火车站。

3、步行约130米，换乘地铁2号线。

4、乘坐地铁2号线，经过15站，到达广州南站。