天然化合物又称天然高分子，分离天然化合物主要依据层次结构来分离，层次结构如下：

一级结构是指高分子链本身的结构，包括结构单元的化学结构、立体化学构型和构象、结构单元之间的键接和序列等。

二级结构指孤立的高分子链，即稀溶液中高分子的形态，如无规线团、螺旋、双螺旋、刚性棒或椭球等。

三级结构指高分子聚集态结构，即分子链之间的堆砌。