武夷山市只有两个高等院校，即武夷学院和武夷山职业技术学院。

武夷学院，简称“武院”，位于海峡西岸经济区绿色腹地，坐落在“世界文化与自然遗产地”的武夷山，是教育部于2007年3月19日批准设立的公办全日制普通本科院校。截至2018年1月，校园占地面积3000亩，现有校舍建筑面积45万平方米；设有茶与食品学院、生态与资源工程学院等14个学院；43个本科专业，涵盖经济学、教育学、文学、理学、工学、农学、管理学、艺术学等学科门类；共有教职员工1000余人，专任教师700余人；现有全日制在校生约一点五余万人。

武夷山职业学院是经福建省人民政府批准设立、教育部备案，由福建省金悦集团投资兴办的一所大专层次的民办全日制普通高等职业学院。学校占地面积500亩，建筑面积将达18万平方米。学院拥有一支结构合理、素质优良的师资队伍。其中教授、副教授及双师型等专兼职高级职称教师占百分之三十二以上。