氨基酸平衡在必需氨基本各组分间以及在必需氨基酸与非必需氨基本各组分间也具有重要意义。尤其是必需氨基酸供给不足时，氨基酸平衡更为重要。

当食品或饲料中蛋白质氨基酸各组分间的相对含量与人或动物体氨基本需要量之间的相对比值一致或很接近时，氨基酸各组分间的相互关系平衡时，氨基酸利用率最高。

饲料蛋白质是水产动物所需要的重要营养素之一，而蛋白质利用的本质是氨基酸组成的比例和数量，特别是必需氨基酸的比例和数量，与动物自身组成越一致，其质量越高。饲料种各种氨基酸的数量和比例要符合动物生理需要，而不是越多越好。某种氨基酸过剩，即超过再合成蛋白质要求界限时，其多余的氨基酸，将通过脱氨基作用被当做能源利用，或作为体脂的原料而被蓄积起来。