剑三中神秘种子的获得方式有以下三种：

1、通过消灭农田守护僵尸后，可以有一定概率获得神秘种子，但其概率极小。

2、在游戏时开箱子后也可以有一定概率获得神秘种子，但其概率也较小。

3、打开游戏交易行，可以直接购买神秘种子。