内部控制制度的缺陷是内部风险治理的设计不完善以及公司治理结构的不合理。目前很多公司的内部控制多以事项、流程为基础，遵循业务的角度，偏重于日常经营治理的遵循，保证制度的遵循性和行为的规范性，主要以监督机制为主，而忽略了管理机制方面。