泮托拉唑与奥美拉唑的不同点在于，泮托拉唑是第3代的质子泵抑制剂，奥美拉唑是第1代质子泵抑制剂，是第1个上市的质子泵抑制剂。在疗效以及生物利用度和选择性方面来说，泮托拉唑都要比奥美拉唑更强一些，同时，泮托拉唑的作用时间也更强，抑制胃酸的效果也比奥美拉唑更强一些。同时，泮托拉唑的副作用比奥美拉唑稍微更小一些，所以，如果使用奥美拉唑治疗消化性溃疡等等疾病疗效不佳的时候，可考虑并选用泮托拉唑进行治疗。