超声波处理种子不是转基因。转基因技术是指利用DNA重组、转化等技术将特定的外源目的基因转移到受体生物中，并使之产生可预期的、定向的遗传改变。而超声波处理并没有改变遗传的改变，所以不是转基因。超声波处理种子是因为可以增强种子中的酶的活性，有利于种子中的淀粉、蛋白质等物质转变为可溶性的物质，供胚吸收利用，加速种子萌芽。