贡山县地势呈“三山夹两江”高山峡谷地貌，最高海拔5128米，最低海拔1170米，海拔高差达3958米。

碧罗雪山、高黎贡山和怒江、独龙江纵贯贡山县境内。总径流量达84、5亿立方米。

贡山县立体气候和小区域气候特征明显，年平均气温16℃，年降雨量在2700到4700毫米之间，空气湿度达90%以上，日照时数1100到1400小时，无霜期280天。