差额事业编制是指由财政进行差额拨款，待遇和收入在一定程度上挂钩，如医院和部分景点等。为了区别其他事业单位，机构编制部门专门设置了“差额事业编制”，作为事业编制的一个统计分类，严格管理。

差额事业单位改革之后，因为剥离了生产经营类职能，成为完完全全的公益服务机构，因此，其使用的差额事业编制，也随之置换为全额事业编制，体现机构、职能、编制、岗位、人员“五统一”。