马达加斯加地形独特，各地气候差异较大。

东部属于热带雨林气候，终年湿热，年降水量达2000到3800毫米，年平均气温约24摄氏度；中部高原属于热带高原气候，气候温和，年降水量为1000到2000毫米，年平均气温约18摄氏度；西部处在背风一侧，降水较少，属于热带草原气候，年降水量为600到1000毫米，年平均气温约26、6摄氏度；南部地区属于半干旱气候，年降水量低于600毫米，年平均气温约25、4摄氏度。

受季风的影响，全岛4到10月为旱季，11月到次年3月为雨季。