蘑菇采摘后菌包的用途是作为优质肥料还田或作为花卉基料，经过处理还可以作为饲料饲喂畜禽或制作生物燃料块。

蘑菇采摘后菌包也叫菌渣、菌棒就是蘑菇采摘后剩下的残渣，里面成分是玉米芯等，营养富含蛋白质、氨基酸、钙、磷等矿物质，加以辅料进行发酵可饲喂羊牛猪等动物，发酵后有酸香味，菌苞中含有大量益生菌群能促进动物肠道中的多种有益菌的繁殖，提高动物的免疫功能，并能刺激动物分泌各种消化酶，促进动物的食欲，提高消化吸收率，从而促进动物的生长发育，一般发酵后的菌渣饲料可保存一年左右。