注册农业综合开发公司的基本流程如下：

1、核准名称：确定公司类型、名字、注册资本、股东及出资比例后，可以去工商局现场或线上提交核名申请；

2、提交材料：核名通过后，确认地址信息、高管信息、经营范围，在线提交预申请，在线预审通过之后，按照预约时间去工商局递交申请材料；

3、领取执照：携带准予设立登记通知书、办理人身份证原件，到工商局领取营业执照正、副本；

4、刻章：凭营业执照，到公安局指定刻章点办理公司公章、财务章、合同章、法人代表章、发票章。