微生物对农业生产有利有弊，其中危害如下：

1、微生物会分解农作物的营养成分作为维持自己生命活动的营养物质；

2、有些微生物会分泌出毒素污染农作物，给人们的正常实用带来危害；

3、一些细菌产生的孢子，遇到合适的条件会萌发，从而污染农作物；

4、一些微生物会导致作物大面积枯萎、害病，甚至死亡，带来严重的经济损失。