长春伊通县全县辖12个镇、3个乡，分别是：

伊通镇、二道镇、伊丹镇、马鞍山镇、景台镇、靠山镇、大孤山镇、小孤山镇、营城子镇、西苇镇、河源镇、黄岭子镇、新兴乡、莫里青乡、三道乡。共有190个村，1168个自然屯。