北京大学医学部学科覆盖基础医学、临床医学、口腔医学、药学、预防医学、护理学等六大门类。其开设的专业有：生理学与病理生理学系、病理学系、医学遗传学系、解剖学与组织胚胎学系、药事管理与临床药学系、分子与细胞药理学系、劳动卫生与环境卫生学系等等。

北大医学部有专门的口腔学院，包含众多口腔系专业。