元朝建立后，元世祖命百官“议立三省、定内外官”，经过争议决定实行一省制，而废除唐宋以来的门下、中书、尚书三省并立制，只设一个中书省。

中书省上承天子，下总百司，是最高的行政机关，中书省的长官行宰相职权，元代中书省是一个权力日重，“外取信于行省，内责成于六部”的中枢机构。它标志着集权政治的高度强化。它适应了元朝长期统治不稳固的局面。六部为中书省的一个下属机构，形成了一省六部制。各部的组织和职能与前代基本相同。元朝还在中央设立枢密院掌管军事，并以中书省掌制枢密院。另外在元朝的中央设立御史台和宣政院。御史台负责监察，宣政院统领宗教事务和管辖西藏地区。元朝中书省、枢密院、御史台、宣政院机构的建立，使元朝能对幅员辽阔、民族众多的大一统封建国家实行强有力的管辖，对明清时期我国统一多民族国家发展起到了积极作用。