排污许可证管理程序是指：

在一定管辖范围内，环境主管部门与排污单位依照单位排污许可证制度规定实施的一系列管理活动过程或阶段。

它一般包括：

1、排污许可证申请解释；

2、排污许可证申请受理审查；

3、排污许可证发放；

4、排污许可证监督管理和排污证的中止、处罚等程序的管理。