朱元璋将沈万三满门抄斩的原因如下：

1、沈万三有影响力，在江南大势族里的影响力比朱元璋还大，还曾经用钱来犒劳朱元璋的军队，朱元璋生性多疑，认为沈万三想要笼络自己军队进而取代他，已有杀沈万三的心；

2、朱元璋是穷人起步，面对富人沈万三，产生嫉妒，加上沈万三没有政治头脑，在皇帝面前炫富，更近加重了杀沈万三的心；

3、朱元璋农民出身，白手起家，认为农业才最重要，重农抑商也是明朝建立初期的基本国策，沈万三影响了政策的执行。