区别如下：

1、挂号邮件必须到邮局营业窗口交寄，经邮局营业人员验视、封装、书写、邮资等，符合挂号邮件的要求，邮局办理挂号手续，并出具国内挂号信函收据；邮政商务专函不给出收据。

2、挂号邮件在邮局内部处理和传递过程中都要逐件地进行登记；邮政商务专函不进行登记。

3、挂号邮件在未收到时，可以拿收据到原来的邮局办理查询手续，进行查询；邮政商务专函不接受查询。

4、挂号邮件属于邮局的责任发生丢失损毁时，按规定进行赔偿；邮政商务专函赔偿。