自学考试申请毕业的流程如下：

1、第一个环节：网上申请、缴费。首先，登录官网进行网上申报，系统预审通过后网上支付申报费用。

2、第二个环节：领取毕业生登记表。严格来说，需要本人在规定时间内亲自到现场领取。领取表格时需要带上打印的“确认单”。

3、第三个环节：现场审验。需要带好的材料包括填写后的《毕业生登记表》两份；毕业证书原件、复印件一份；学历证书电子注册备案表打印版一份。