混用毛巾是会传播疾病的，使用脏毛巾擦水杯，有传染蜡状芽孢杆菌的可能性。

北京大学人民医院做过一个实验，把新毛巾、使用过3个月的毛巾和使用过6个月以上的毛巾分别进行细菌培养，结果发现，以每平方厘米计算，新毛巾菌落在100这个数量级上，3个月的毛巾菌落在一万这个数量级，而使用过6个月的毛巾，培养皿上几乎长满了菌落，估计在一百万这个数量级。这些菌落中，主要有革兰染色阳性的细菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌等可能致病的细菌，后者原本是人体肠道的正常菌群，但如果侵袭了伤口，就可能引发感染。