纯正的醋都是发酵的，先用以酵母菌为主的菌群将淀粉质的原料分解成葡萄糖，再将葡萄糖转化成酒精，最后以醋酸杆菌为主的菌群将酒精氧化成醋酸。

在整个过程中，三个阶段没有明显的界限，而且都是多种微生物共同作用的结果，所以不论是醋还是酒，发酵酿制的都是含有很多种成分的混合物，口味很复杂。

制醋是先厌氧发酵再氧化，酿酒只是前半段，好的菌种是酿好醋的前提条件。