一般可以先制作无机分子结构的球、棍模型，然后是比例模型，再后是晶体结构模型，最后是有机化合物分子的球棍模型与比例模型。先将破裂乒乓球或塑料药丸壳剪碎，溶解在丙酮和乙酸乙酯混合溶液中，成为浆糊状装瓶，作为粘合剂使用。制作球棍模型与原子晶体、离子晶体模型时，可将红热铁丝穿进乒乓球，然后在结点处点上一滴粘合剂。制作比例模型时需用不同大小的塑料球，用红热铁丝切割成半球状，再用粘合剂粘合。制作金属晶体的紧密堆积模型时，可以来一层一层分别粘结，然后层与层堆积粘结。各种模型中原子排列顺序及图示均见于教材。最后还可以按需要涂上油漆着色。