爱国主义教育基地申报命名的程序是：

由拟申报的单位向上级主管单位党委提出申请；经初审同意后再上报至市委宣传部；由市委宣传部会同有关部门对拟申报单位进行检查验收；符合命名条件的，最终由市委宣传部批准命名并授牌。