事业单位与企业单位主要区别如下：

1、主体资格和设立资金的来源不同。事业单位属于事业法人，企业属于企业法人。

2、设立主体和设立目的不同。事业单位大都是由国家设立的，如大型国有企业原有的医院、学校。国家设立事业单位是出于国家管理的需要或社会公共利益的需要。事业单位的工作和服务不以盈利为目的。例如，学校、公立非盈利医院。 设立企业的是出资者，国家设立企业时，也是出资者。设立企业的目的是通过经营盈利。

3、管理主体和管理方式不同。对事业单位的管理，主要是由政府主管部门负责。事业单位往往有其隶属的政府主管部门。政府主管部门主要是依靠行政管理的法规、规章、条例、命令和政策对事业单位进行领导和管理。例如国家对公办学校的管理。国家对企业的管理是宏观管理，企业的管理主要由出资者依法建立的包括董事会和总经理在内的管理团队来负责。

4、企业在其经营过程中，需要向国家缴税，而事业单位则不需要缴税。