清华大学生物医学工程专业源于1979年创建的清华大学电机工程系。随着清华大学医学院的成立，生物医学工程专业于2001年被调整到医学院，并成立了清华大学医学院生物医学工程系。我校的生物医学工程专业是具有学士、硕士及博士授予权的一级学科，并建立有独立的博士后流动站，2002年被评为国家重点学科。

目前，生物医学工程系的教学、科研基地主要集中在清华大学西主楼。最近学校已批准尽快建设约4万平米的医学院大楼，待新楼竣工后，生物医学工程系将移入该楼。本学科现设有如下５个教学实验室：生物医学信号检测与处理实验室。医学成像与医学图像处理实验室。医疗仪器实验室。电生理实验室。清华大学，美国德州仪器联合dsp实验室。