清朝在239年间共设置105任巡抚。顺治四年设福建巡抚，首任巡抚是佟国鼐，光绪十一年改设台湾巡抚，福建巡抚一职由总督兼理。

1、佟国鼐于1647年到1648年担任福建巡抚；

2、张学圣于1648年到1653年担任福建巡抚；

3、佟国器于1653年到1655年担任福建巡抚；

4、刘汉祚于1656年到1659年担任福建巡抚；

5、徐永祯于1659年到1661年担任福建巡抚；

6、许世昌于1661年到1666年担任福建巡抚；

7、刘秉政于1666年到1674年担任福建巡抚；

8、杨熙于1674年到1678年担任福建巡抚；

9、吴兴祚于1678年到1681年担任福建巡抚；

10、董国兴于1682年到1683年担任福建巡抚。