蒙古族墨尔秦氏、鄂秦氏，清朝时有冠汉姓为秦的。

秦姓，主要源出三大支系：姬姓、嬴姓和外族改姓。

源于姬姓，周文王后代鲁国侯伯禽裔孙的封地秦邑，属于以居邑名为氏。周武王时，其弟周公旦被封鲁(今山东曲阜)称鲁公。鲁公后因辅佐周王留在了周都，儿子伯禽接封鲁国，其裔孙中有一支食邑于秦(今河南范县旧城)。后以邑为氏。源于姬姓的秦姓就是由周文王的别子周公旦之非嫡长后裔所开启。

源于嬴姓的秦，是颛顼帝的后裔，以国名为氏。传说颛顼有个叫女修的孙女，吃了燕子蛋怀孕生下儿子皋陶。皋陶之子伯益。伯益后裔非子的封地秦国，属于以国名为氏。秦始建国于雍(今陕西凤翔)，其后，国都多次迁徙。

外族改姓，属于汉化改姓为氏。清朝时期，蒙古族、满族、达斡尔族以及外夷(大秦人，即罗马帝国)等汉化改姓为秦。