明清时期户部掌全国疆土、田地 、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜。其内部办理政务按地区分工而设司。各司除掌核本省钱粮外，亦兼管其他衙门的部分庶务，职责多有交叉。例如清代户部总的执掌是管理全国疆土、田地、户籍、赋税、俸饷、财政等事宜，其机构按地区划分为江南、浙江、江西、福建、湖南、山东、山西、河南、陕西、四川、广东、广西、云南、贵州等14个清吏司，并设有八旗俸饷处、现审处、饭银处、捐纳处、内仓等机构，办理八旗俸饷、捐输等事。其部内的行政事务则由南、北档房、司务厅、督摧所、当月处、监印处分别管理。隶于户部的机构还有掌铸钱的钱法堂及宝泉局；掌库藏的户部三库；掌仓储及漕务的仓场衙门。户部尚书主管全国户口、赋役方面的政令。侍郎掌稽核版籍、赋役实征等会计统计工作。其日常工作有为移民垦荒，招抚安置流民，以鱼鳞图册、黄册为根据，抑制豪民兼并；以限田裁异端之民；以树艺课农官。