小兰被组织绑架，柯南开始跟组织进行最后的对决。黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士。柯南因为身份被黑暗组织识破遭到追杀，黑暗组织首领下令，柯南和灰原哀知道了组织的秘密。灰原哀在最后关头中，一心想为父母和姐姐报仇，杀死了贝尔摩得和基安蒂科恩，琴酒与小兰一对一空手道对决，西野真人利用铃木一家作为人质，警视厅最高领导人和地方委员都被囚禁起来。