1、一般目的基因用于克隆表达的情况下，酶切位点的选择要考虑到：目的基因片段内部不含有所选的酶切位点，不然鉴定阳性重组子双酶切时会将目的基因切断；

2、实验后继应用的所有载体真核、原核、酵母、昆虫都尽可能含有所选的酶切位点，并且要保证在载体上的插入方向正确定向克隆；

3、尽可能选比较常用的酶切位点。