嬴政免他职位时也没说要杀他。但他的权利实在是太大，怕他叛乱，便逼着他辞职。吕不韦哪想自己不干，只是没辙而已。后来，确实是被嬴政逼死了。

因叛乱事受牵连，被免除相邦职务，出居河南封地。不久，秦王政复命其举家迁蜀，吕不韦恐诛，乃饮鸩而死。