九寨沟自然保护区内有108个高山湖泊，它们大部分成群分布，面积大小不同，小的半亩，大的千亩以上。一条沟有如此之多的高山湖泊，这在全国、全世界也找不到第二条。九寨沟有许多天池，其中最大的长达7公里，天池的四周覆盖着郁郁葱葱的原始森林。九寨沟大型瀑布有17处，为九寨沟诺日朗瀑布。保护区内最大的湖泊为长海子，它由此向南达7公里。较有名的差不多二十几个，比较典型的长海，五花池，上季节海，下季节海，犀牛海，树正群海，双龙海，芦苇海，火花海，卧龙海，老虎海，镜海，五花海，熊猫海，箭竹海，天鹅海，芳草海等。